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あいさつ

表紙の写真の作品は、2003年に制作したものです。
尚、当ブログの記事の引用・転載は必ずリンクを貼ってください。


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「インド人研究者が武漢肺炎ウイルスの秘密を解明」これに関する論文は撤回されました。


インド人研究者が武漢肺炎ウイルスの秘密を解明した
とのコメントが入りました。
リンクしてあったのはこちらのブログ。

🔳新型コロナウイルスに「HIV (エイズウイルス)」のタンパク質が挿入されていることをインド工科大学の科学者たちが発見。さらに「感染しても免疫を獲得できない示唆」を中国当局が示し、事態は新たな局面に
https://indeep.jp/found-hiv-in-wuhan-coronavirus/

たまたま見つけたサイトでも同じようなことが書かれてますが、
今見るとツイッターで拡散されています。
これでまた中国が悪者になり叩かれますね。

🔳インド人研究者が武漢肺炎ウイルスの秘密を解明
https://www.visiontimesjp.com/?p=4447

どちらにしろ論文を見ないとわかりません。

これがその論文です。(機械翻訳)

Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1

2019-nCoVスパイクタンパク質のユニークなインサートとHIV-1 gp120およびGagとの不思議な類似性

現在、2019年の新型コロナウイルス(2019-nCoV)による大流行を目の当たりにしています。2019-nCoVの進化はとらえどころのないままです。2019-nCoVに特有であり、他のコロナウイルスには存在しないスパイク糖タンパク質(S)に4つの挿入が見つかりました。重要なことに、すべての4つのインサート中のアミノ酸残基は、HIV-1 gp120またはHIV-1 Gagの同一性または類似性を有する。興味深いことに、挿入物が一次アミノ酸配列上で不連続であるにもかかわらず、2019-nCoVの3Dモデリングは、それらが受容体結合部位を構成するために収束することを示唆している。019-nCoVで4つのユニークな挿入物を発見しましたが、これらは全てHIV-1の主要な構造タンパク質のアミノ酸残基と同一性/類似性があり、自然界で偶然であるとは考えられません。 この研究は、2019-nCoVに関する未知の洞察を提供し、このウイルスの進化と病原性に光を当て、このウイルスの診断に重要な意味を持つ。



コメントがたくさん投稿されているのでそれを読んでいくと
この論文は一旦撤回され、
再分析後に新たに投稿されるとのことです。
その部分は赤字にしてあります。

トロント大学からもこの論文の撤回を勧めるコメントが入っていますが、
その部分は青字にしてあります。


コメントの一部紹介(機械翻訳)

ジェイ・ワン•1日前

最初の2つの「挿入」にまたがる領域をBlastPedしましたが、他のbat-covウイルスとのアラインメントにいわゆる挿入はまったく見つかりませんでした。 それどころか、アラインメントは、2つの「挿入」領域の周囲で非常に自然な多様性を示しました。 2つの「挿入」は明らかに人工産物ではなく進化の産物です。さらに、人間でさえ野菜のタンパク質と相同な膨大な数のタンパク質を持っているので、2つのウイルス間に短い相同領域があるのはなぜ驚きですか?

AronF•2日前

HIV-1インサートに一致する2019-nCovの実際の「可能性が低い[hood]」を判断するために、HIVシーケンスに対するBLASTヒットの「E値」を実際に与える必要があります。 それがまさにE値が存在する理由です。 カバレッジが100%であるという事実は、たとえば95%のカバレッジで多数のヒットがある場合、ほとんど意味がありません。この場合、E値は高くなります。

Zhanguo Zhang•2日前

この研究は興味深いことを示していますが、タイトルは誇張です。 さらに、表1を見ると、インサートはインサート1と2を除き、HIVタンパク質とそれほど似ていません。また、これらのインサートはコウモリウイルスで見つかっています(図S2)。 しかし、これらの発見は、この新しいウイルスの伝染性を説明する可能性があります。

JoshP•2日前

以下の興味深い観察と議論には、さらなる調査が必要です。留意事項:(1)各挿入物を個別にブラストすると、当然ながら複数のヒットが識別されます。しかし、HIV-1以外に、全体で4つのインサート(gp120およびgagタンパク質)が一緒に含まれるウイルスを見つけることはできません。これは、ヌクレオチドとアミノ酸の両方のレベルで確認できます。これは、私の考えでは、確率計算を変更し、これらの発見の基礎を理解するためにさらなる研究が必要です。 (2)この単一のアップロードされたシーケンス(RaTG13、QHR63300.1)に大きな重みが置かれています。これは2013年1月29日に武漢ウイルス研究所が寄託した2013年雲南コウモリの糞からであると述べられています。この重要なリンクシーケンスの出所が、2013年にコウモリの糞から述べられたように分離された実際の自然発生シーケンスとして独立して検証できれば、明らかに科学界への信頼が向上します。 (3)興味深いことに、RaTG13のインサート2および3のヌクレオチド配列は、2019-nCoVウイルスのヌクレオチド配列と同一であり、2013年以降の単一の同義置換でさえありません。これは興味深く、さらに研究する価値があると思います。挿入物2および3のヌクレオチド配列が、このコウモリ(またはその他の貯水池または中間)の個体群で2013年以降変更されない可能性について考えると、この人間の発生でどれほど安定しているのかを見るのは興味深いでしょう。

Hannah Davis JoshP•11時間前

「挿入物」に非常に重点を置くことに関する1つの問題(これは、HIVには実際には完全には存在しません。図2の挿入物と実際のさまざまなHIV-1配列に一致する挿入物を比較すると、表1では、後者の配列は実際に短く、6ヌクレオチドに短縮された後でも最初の2つが100%一致するのは、1)HIV-1が多く変異し、2)に大量のHIV-1配列があることですデータベース。

言い換えれば、機能的なRNAウイルスであると何らかの形で互換性がある実質的に任意の十分に短いアミノ酸の配列がどこかのHIV-1配列で見つかる可能性がかなり高いです。これは、シーケンスを介したHIV-1の研究に費やされた時間/お金の予想される成果物です。

著者は、同じHIV-1ゲノムではなく、別々のゲノムで完全に一致するものさえ見つけませんでした。これは自分で確認できます。「Insert 1」と一致するシーケンスを調べて、「Insert 2」を探します。あいまいに似た配列がいくつかあると思いますが、たった6アミノ酸の配列にあいまいに似ていることはあまり印象的ではありません-特に、非ウイルスと同様のウイルスに多くのより良い一致があることを考えると!

図2に示すように、挿入2は実際にはどのHIV-1配列とも一致しません。完全な配列は「YYHKNNKS」です(注:短いギャップと左側の4つのアミノ酸の両方が含まれるため、これは任意のようですギャップの「NNKS」、SARSと2019-nCoVで異なりますが、後続の異なるアミノ酸はありません)。 HIV-1の1つのデータベースエントリと100%の一致を見つけるために使用した短縮シーケンスは「HKNNKS」です。HIV-1の前の2つのアミノ酸として、短縮しないと100%の一致はありませんでした。 seqは「GT」であり、「YY」ではありません。

Kairui Sun JoshP•17時間前

洞察力をありがとう。 2019-nCoV(GenBank:MT007544.1)の最新のゲノム配列を調べたところ、インサート3のヌクレオチド配列に変異があり、SerからArgへの変異が見つかりました。 Spikeタンパク質の他のすべてのヌクレオチドは、私が整列させた5つの2019-nCoV配列間で完全に整列しているため、配列エラーではないでしょう。 挿入物の安定性についてのあなたのポイントを考えると、この結果をどのように解釈しますか?

アンディ・クリスプ博士•2日前

彼らの発見は興味深く、さらなる科学的調査に値すると思います。 具体的には、その新規性により、シーケンスされたnCoVサンプルの数が非常に少なく、ウイルスの高い突然変異率とゲノム編集技術の本質的な変動性を考えると、さらに多くのシーケンスデータが現れるかどうかを確認するのは興味深いでしょう この提案されたHIVへの接続をさらに強調する可能性があります。 この接続が弱い場合、ウイルスの最初の発見/シーケンシングの非常に早い段階で発見されたという事実は驚くべきことです。

ローリー・マクギー•2日前

2003年のこの研究では、SARSコロナウイルスとHIVの微細な類似性が言及されています。https://link.springer.com/a ...

Prashant Pradhan•2日前

これは予備調査です。 深刻な状況を考慮して、SARSのようなコロナウイルスの急速な進化について創造的な議論を行うために、できるだけ早くBioRxivで共有されました。 陰謀説を論じる意図はなく、ここではそのような主張はしていません。 BioRxivフォーラムや他の場所で科学的な同僚から提供された批判やコメントを高く評価していますが、このストーリーはソーシャルメディアやニュースプラットフォームでさまざまに解釈され共有されています。 すべての批判やコメントを積極的に受け取りました。 さらに誤解や混乱を避けるために、プレプリントの現在のバージョンを撤回することを決定し、再分析後、コメントと懸念に対処して改訂版を入手します。 このオープンレビュープロセスに貢献してくれたすべての人に感謝します。:原稿の著者


Dzogchen•2日前•編集

このレポートは、非常にありえないがランダムに発生する重要性を想定することの危険性を強調しています。 HIV-1ゲノム内の4つのペプチドすべてを見つける確率を計算することはありえませんが、それは非ランダム性を推論しません。 自然界では非常にありそうもない多くのイベントが発生しますが、実際にはランダムです。 データベース内の約600万残基(タンパク質)であるウイルス配列のみに制限しても、4つのペプチドすべてがHIV-1に一致する可能性は非常に低くなりますが、著者は有意性をランダム性に割り当てるというtrapに陥りました。

トルク•2日前

ジェイソン、爆風の結果を見てみた。 武漢海産物市場のウイルスは、コウモリのコロナウイルスと一致するようです。 ただし、アクセッション(QHR63250.1およびQHR63300.1)をクリックすると、両方が同じ日に送信されたことがわかります(武漢ウイルス研究所の特別病原体のCAS主要研究所から27-JAN-2020)。 「ORIGIN」には微妙な違いがいくつかあります。 これらの違いを理解することは有益です。

ewyler illumined•2日前

こんにちは、プロテアーゼ阻害剤に関して:HIVとコロナウイルス(および他のウイルス)の両方は、適切な機能のためにプロテアーゼ(他のタンパク質を切断するタンパク質)に依存しています。 人間の細胞ではこれはめったに観察されませんが、多くのウイルスはタンパク質を巨大な塊(ポリタンパク質)に作り、その後、それぞれが異なる機能を果たす個々のタンパク質に切断されます。 これは一般に、ウイルスにとって好ましい特性であると説明されています(https://www.ncbi.nlm.nih.go ....これがすべてのウイルスの古代の共通の祖先に基づく原則であるか、または「収束」の産物であるかどうか これらのHIVプロテアーゼ阻害剤はヒトに対して無毒であることが知られているため、コロナウイルスプロテアーゼに対しても作用するかどうかをテストすることは理にかなっています。 。しかし、もし彼らがそうするなら、それは大きな幸運だと言うでしょう。

Jing Hou•2日前•編集

ジェイソン・ウィアー、ソン・ヤン、ブライアン・ハンリーなどによって議論されたように、著者による結論には科学的なメリットがないことに同意します。

複数のコメントで既に指摘されているように、武漢分離株とSARS分離株との比較ではいわゆるユニークな挿入がチェリーピックされています。実際、単純な爆発は、2015年の最新の分離株であるSL-CoVZXC21に3/4の挿入を含むBat SARSのようなコロナウイルスとのアライメントを返しました。添付図)。

すべての挿入部位は、ホモログ間で可変の位置と一致します。これは、これらの位置が宿主の相互作用にとって重要であるという意味で意味があります。これは「不気味」ではなく、単に選択がどのように機能するかです。 HIVギャグタンパク質とのいわゆる「同一性」については、他の人が指摘したように、これもまた偽りです。 HIVとコロナウイルスはどちらもRNAウイルスであり、超変異性です。ホストとウイルスの相互作用に重要な位置、つまり新しい挿入が見つかった位置は、新しい感染性武漢分離株では可変である可能性があり、これが人間の操作の結果であることを示唆する証拠はありません。

このプレプリントはすでに、特に流行が拡大している中国で恐怖が国中に広がったため、メディアですでに注目を集めています。この種の恐怖科学の偽りの科学は、一般大衆にとって有害で​​あり、一般大衆は査読を受けていない研究のメリットを区別する能力があまりありません。

著者がこの原稿を修正または撤回することを強くお勧めします。

ジンホウ(トロント大学、ドネリーセンター)


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アノンジンホウ•1日前

こんにちは、

nCOVに非常によく一致するYunnan-RaTG13をテーブル(これまでに見つかった最も近いもの)から除外したのはなぜですか? RaTG13は、湖北省以外の異なる種のコウモリ(R.アフィニス)と、さらに別の地域(雲南省、プエル市)に由来します。 雲南省から入手した他のR. Affinis種からのその他の一致を含めることも役立ちます(KF569996.1(LYRa11)、MK211375.1(YN2018A)、MK211376.1(YN2018B)などのサンプル)。 さらに、最初のエントリが合成組換えとしてリストされているのはなぜですか?

Song Yang•3日前

補足図S2で、著者は「最後の行のBat-SARS Like CoVは、インサート1と4が武漢2019-nCoVに非常にユニークであることを示している」と述べました。 実際、2013年に発見されたCoVのようなBat-SARSには、4つの挿入すべてが含まれています。 2019-nCoVの挿入2および3は、Bat-SARS Like CoVと同一です。 挿入1には、2つの同義語と1つのThr-Ile変異が含まれます。 挿入4には、1つの同義変異と12 bpの挿入が含まれています。 したがって、2つのウイルスは非常に高い配列類似性を持ち、自然に進化的に関連している可能性があります。 実際、4つの特定された挿入は、武漢2019-nCoVウイルスと2013 SARSウイルスのペアワイズ比較の結果であり(図1)、2つのウイルスのみを比較した場合のアーティファクトです。 「挿入」領域は、図S1の多重比較で示されているように、おそらく機能的に重要な他のコロナウイルスにも現れます。


ewyler•3日前

ジェイソン・ウィアーからの以前のコメントを支持することにおいて:ジェイソン・ウィアーによって言及されたコウモリのスパイク・タンパク質と新規コロナウイルスのスパイク・タンパク質(タンパク質ID QHD43416)の整合は、特に主張に関しても、非常に高い保存性を示します(添付画像を参照) プレプリントの図2の「挿入」。 これにより、コウモリコロナウイルスは、提案されているHIVへの接続よりもはるかに起源が高い可能性が高くなります。

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Brian Pulliam ewyler•2日前•編集

これは、相同性に使用される正当なシーケンスではありません。 このアウトブレイクに関連付けられていない何かを見つけて、挿入が外部に存在することを示す必要があります。

Gaetan Burgio•3日前

私はこれらのシーケンスの調整を実行し、実際、プレプリントで言及されたこれらの4つの挿入が本物であることを発見しました。 しかし、これらの挿入のそれぞれを非冗長タンパク質データベースに爆破し、これら4つの挿入のすべてについて100を超えるヒットを見つけました。 ヒットは他のコロナウイルス、植物、寄生虫、バクテリアです。 これは、HIVへのヒットが偶然のようであり、2019-nCoVとHIVの進化的リンクが確認されていないことを示しています。 さらに、原稿の著者は、発見のe.valueを提供しませんでした。また、他の生物ではなくウイルスゲノムのみの検索を制限した理由を方法論で説明しませんでした。 したがって、提示された結果は、欠陥のある方法論に基づいて、私には「不気味な」ようには見えないと主張します。 したがって、このホワイトペーパーで示されている結果は非常に慎重に検討する必要があります。

Gaetan Burgio(オーストラリア国立大学)





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世界の気象ニュース(前例のないイナゴの大群)


前例のないイナゴの群れがアフリカと南西アジア全体を襲っています。
ケニアなどのアフリカ東部では過去数十年で最大規模の
サバクトビバッタの群れが襲来、農作物などを荒らす被害が相次いでいます。

動画を見ると凄さがわかりますね。
https://twitter.com/kiing_88/status/1223969674616082433

ケニアの首都ナイロビから東へ約200km離れたキトゥイ郡エンツィウ近くでイナゴの群れを駆け抜ける男性たち。
ケニアimage
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数億匹のバッタの群れ、ケニア荒らす 過去70年で最大
https://www.asahi.com/articles/ASN1X3JS9N1WUHBI04T.html

ソマリア、バッタの大群襲来で国家非常事態を宣言
https://www.afpbb.com/articles/-/3266406

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「砂丘」と名付けられた:新しいタイプのオーロラが北極の空を覆う。発見した市民科学者は砂漠の砂丘に似ているため「砂丘」の愛称で呼んでいます。
これ雲なら地震雲ですね。
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大きな宇宙のスーパーストームは25年ごとに発生します。
Photo:MuratArt / Shutterstockに
大きな宇宙のスーパーストームは25年ごとに発生likelihood-Major-Space-Super-Storm-Is-Once-Every-25-Years

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フラミンゴを含む約8,000羽の渡り鳥が、
先週イラン北部ザンダラン州の野生生物保護区で
死んでいるのが見つかりました。


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この1週間で死んだクジラ

タイ:サムット・プラカン州バンプーのマングローブ林に打ち上げられた死んだブルーダクジラ。
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インドネシア:クパン水保護地域庁の職員とタシロ村の住民が協力して、タシロビーチのマングローブからマッコウクジラの死体を取り除く
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米国ノースカロライナ州アウターバンクスのビーチで死んだザトウクジラが発見された。
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英国:テムズ川河口に迷い込んだ
マッコウクジラが3日間の闘争の後に死ぬ
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アラスカのアイスロード「ハイウェイ101」
「ハイウェイ101」。アラスカのアイスロード

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米ミシガン州は今年大変な量の雪が降りました。
ケウィーノー道路委員会は、この冬これまでに215インチ(5,5メートル)の雪を報告しています。ケウィーノー半島のホートンの通常の量は184インチです。
https://www.youtube.com/watch?v=EjPMrFjybyk&feature=emb_title

台湾の玉山頂上で記録的な降雪、7時間で約25センチ
https://www.youtube.com/watch?v=IiCNqIBR-Kg&feature=emb_title

ヨーロッパアルプスに72時間で最大43インチ(1メートル超)の雪
https://www.youtube.com/watch?v=jg9AG2Ie_sQ&feature=emb_title

ノルウェーのトロムスの山で撮影された珍しい雪の悪魔
https://www.youtube.com/watch?v=fb2MCnoW814&feature=emb_title

強力な冬の嵐がカザフスタンを襲う。非常事態下の首都ヌルスル
https://www.youtube.com/watch?v=ZqS7ZxEik0M&feature=emb_titl
現在カザフスタンには非常に多くの雪があり、車を高速道路に取り残し、人々はトンネルを掘って家に入り、アスタナは非常事態に陥っています。カザフスタンで平年の3倍の雪56年前に記録された過去最高を上回る量。
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嵐はアラスカの高速道路に大雪を降らせる。24時間で8インチ
https://www.youtube.com/watch?v=l6grYHN0-XQ&feature=emb_title

サウジアラビア北部を強風を伴う激しい寒波が襲っています。
https://www.youtube.com/watch?v=BmELW5aXYcs&feature=emb_title
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インド、ヒマーチャルプラデーシュ州、大雪で300の道路が閉鎖。
https://www.youtube.com/watch?v=C4QTscY3rkE&feature=emb_title

ヒマーチャル・プラデーシュ州の首都シムラ
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マダガスカルで大規模な洪水が発生し、31人が死亡。10,000以上の家が浸水し、国家緊急事態を宣言。
宇宙から見たマダガスカルの洪水
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タンザニア中部と南東部、洪水で少なくとも3人が死亡、4 500人がホームレスに。

チリ、アタカマ地方で大雨・洪水、緊急事態宣言
https://www.youtube.com/watch?v=7zZBwSO2C5E&feature=emb_title

ブラジル、ミナスジェライス州で洪水と土砂崩れで少なくとも58人が死亡。ベロオリゾンテで過去最高の降雨量。40,000人が避難。
https://www.youtube.com/watch?v=O8VrD9LNdCg&feature=emb_title

ルワンダで集中豪雨、少なくとも3人死亡
https://www.youtube.com/watch?v=az_wfxy_IHs&feature=emb_title

オーストラリア、ノースクイーンズランド州、24時間で529mmの過去最大雨量。
https://www.youtube.com/watch?v=Qv-mKIK6JFM&feature=emb_title

インドネシアのスマトラ島で大規模な洪水、土砂崩れが発生。22,000人以上が避難。西ジャワ州では約14,000軒の家屋が損傷または破壊された。

南米コロンビア、フロリダブランカ、サンタンデールで大雨・洪水。約100台の車両が被害を受け、少なくとも30軒の家屋が被害。
https://www.youtube.com/watch?v=LyFMQWiG6XY&feature=emb_title


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少し前のニュース

今度は大砂嵐に巨大ひょうが直撃、森林火災で疲弊した豪東部
https://www.afpbb.com/articles/-/3264344

カナダ東部で記録的な大雪、非常事態宣言続く
https://www.cnn.co.jp/world/35148208.html?ref=rss

ヴェネツィア運河
ヴェネツィア運河safe_image

アイダホ州
アイダホsafe_image

オマーン
オマーンoman-flood-january-2020


雷lightning-hot-spots-around-the-world

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英国オルダムでペットの犬に殺された後、男性が死亡



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